Juanjo Guarnido est né à Grenade, en Espagne, en 1967.

Il passe son enfance dans le village de Salobrena, au bord de la Méditerranée, à dessiner. Plus tard, sa famille s'installe à Grenade, en Andalousie. C'est là qu'il étudie les Beaux-Arts et obtient son diplôme.

Par la suite, il participe à la réalisation de plusieurs fanzines grenadins. Durant ces années, il publie également de nombreuses illustrations chez Cómics Forum (un label de Planeta DeAgostini) pour l'édition espagnole de Marvel, ce qui lui permet de toucher un public espagnol assez large.

Il entre ensuite en contact avec le milieu du dessin animé et s'installe à Madrid où, pendant trois ans, il travaille sur plusieurs séries télé pour les studios d'animation Lapiz Azul.

C'est lors de son premier jour chez Lapiz Azul qu'il rencontre Juan Díaz Canalès, qui deviendra son scénariste sur Blacksad. En 1993, il déménage à Paris pour intégrer les studios Walt Disney à Montreuil, où il travaille comme animateur jusqu'à la fermeture des bureaux.

Adepte depuis toujours de la BD européenne, il entreprend patiemment ce qui sera la longue fabrication de son premier album, le tome 1 de Blacksad - Quelque part entre les ombres, paru chez Dargaud en 2000 et dont le 7e album, tant attendu, est publié en 2023.

Il mène alors de nouveaux projets Sorcellerie paru chez Dargaud, avec Teresa Valero, Voyageur chez Glénat (projet collectif) et Les Indes fourbes, scénarisé par Alain Ayroles et paru en 2019 chez Delcourt .

Par ailleurs, il a illustré la pochette du groupe de hard rock Freak Kitchen, Cooking with pagans en 2014 et a également réalisé le clip de leur morceau Freak of the week.

En 2021, il réalise la couverture du premier Batman Death Metal pour DC/Urban Comics, collection lancée en 2021 autour de groupes de heavy metal, en mettant en scène le groupe Megadeth.

L'année 2021 marque également le grand retour de Blacksad avec le premier volume d'un diptyque pour cette série culte qui connaît un succès considérable, publiée dans plus de 20 pays.